Dez anos após a Quarta Guerra do Santo Graal, um conflito entre Mestres e Servos pelo cálice capaz de realizar desejos, uma nova guerra tem início na cidade de Fuyuki. Shirou Emiya, filho adotivo de Kiritsugu Emiya, que participou da guerra anterior, leva uma vida tranquila com pessoas queridas. Entre elas está sua colega de classe Sakura Matou, cuja gentileza ilumina sua rotina solitária. No entanto, essa paz é quebrada quando a Guerra do Santo Graal retorna, arrastando Shirou para um destino inevitável.
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